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RapidGenomeMappinginNanochannelArrays forHighly CompleteandAccurateDe NovoSequenceAssemblyof the Complex AegilopstauschiiGenome.
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HastieAR,DongL,SmithA,FinklesteinJ,LamET,HuoN,CaoH,KwokPY,DealKR, DvorakJ,LuoMC,GuY,XiaoM.
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一、背景
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1.???? 植物擁有巨大的基因組，大量的重復序列。這對于目前的測序技術依然是個嚴峻的 挑戰，利用???? NGS技術依然無法產生足夠大的contig來克服重復序列帶來的困擾。
2.???? BioNano技術平臺產生的熒光標記大片段DNA分子可以很好的改善這一問題。本文 利用該技術可以快速將節節麥（Aegilopstauschii ）的2.1M高重復區域的組裝完整性由75%提升到95%。
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二、研究方法
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1.???? 從27個BAC克隆分別抽取DNA混合。?
2.???? BioNano建庫測序。
3.???? 454建庫測序。
4.???? 數據拼接，基因組組裝優化。
5.???? 利用SNapshot ?方法進行驗證。
RapidGenomeMappinginNanochannelArrays forHighly CompleteandAccurateDe NovoSequenceAssemblyof the Complex AegilopstauschiiGenome.
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HastieAR,DongL,SmithA,FinklesteinJ,LamET,HuoN,CaoH,KwokPY,DealKR, DvorakJ,LuoMC,GuY,XiaoM.
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一、背景
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1.???? 植物擁有巨大的基因組，大量的重復序列。這對于目前的測序技術依然是個嚴峻的 挑戰，利用???? NGS技術依然無法產生足夠大的contig來克服重復序列帶來的困擾。
2.???? BioNano技術平臺產生的熒光標記大片段DNA分子可以很好的改善這一問題。本文 利用該技術可以快速將節節麥（Aegilopstauschii ）的2.1M高重復區域的組裝完整性由75%提升到95%。
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二、研究方法
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1.???? 從27個BAC克隆分別抽取DNA混合。?
2.???? BioNano建庫測序。
3.???? 454建庫測序。
4.???? 數據拼接，基因組組裝優化。
5.???? 利用SNapshot ?方法進行驗證。
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三、分析結果
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1．得到2.1M區域的完整基因組圖譜，并用snapshot驗證得到一致結果。
三、分析結果
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1．得到2.1M區域的完整基因組圖譜，并用snapshot驗證得到一致結果。
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2．將BioNano得到的基因組圖譜與NGS拼接得到的contig序列比較，發現contig序列存在各種類型的錯誤，這些錯誤被證實是由于NGS數據覆蓋度不夠，重復序列對NGS數據拼接干擾等因素造成的。
3．利用BioNano數據修正后得到更加可靠的拼接結果。
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